1. В XIX в. в церкви Климента переделаны порталы, окна, главы, стены притвора надложены, к нему пристроена трехъярусная колокольня. Однако на фотографиях, сделанных в конце XIX века, изображена двухъярусная колокольня с высоким шпилем (фото 1а). Трехъярусная колокольня появляется только на фотографиях начала XX века. Церковь значительно пострадала в годы Второй мировой войны. Исследования и реставрационные работы проведены в 1952–1956 гг. архитектором-реставратором Т. В. Гладенко. Храм реставрирован в первоначальных формах, при этом разобрана колокольня, на самой церкви без достаточного обоснования устроено трехлопастное завершение (до войны существовало восьмискатное покрытие).
2. Во второй половине XVIII в. с западной стороны вплотную к притвору церкви Бориса и Глеба в Плотниках возводится трехъярусная колокольня. В годы Второй мировой войны колокольня лишилась купола. В 1950-х годах проводились ремонтно-реставрационные работы на основном объеме церкви, колокольня так и стояла без купола (руководитель работ З. И. Васильева). В 1960-1970-х годах при новой реставрации колокольня разобрана (руководитель Т. В. Гладенко), так как не вписывалась в формировавшийся облик набережной. Теперь о колокольне напоминают только контуры стен, поднятые от земли на 0,7-0,8 м.
3. В конце XVII в. над новым притвором церкви Иоанна Богослова на Витке строится небольшая звонница. В 1799 г. на ширину основного объема к приделу вместо звонницы пристроена двухъярусная, с одним звоном каменная колокольня в стиле классицизма. Колокольня разобрана в 1929 г. для обеспечения кирпичом строительства новой городской электростанции.
4. В 1768 г. на Рождественском кладбище к югу от церкви Рождества, на месте, где были похоронены казненные в 1739 г. четыре князя Долгорукие, построена каменная церковь Николая Чудотворца. Ее строителями были сын казненного И. А. Долгорукова,
тайный советник М. И. Долгорукий, и другие родственники, вносившие большие вклады в церкви бывшего Рождественского монастыря. В 1779 г. к церкви Николая Чудотворца пристроена барочная каменная колокольня с папертью и приделом. В годы Второй мировой войны кладбищенские церкви обстреливалась и были сильно разрушены. В 1946 г. церковь Николая Чудотворца взорвали и разобрали на кирпич.
5. В XVII в. над западной стеной северного притвора церкви Успения на Волотовом поле возвели настенную звонницу. Колокольня с западной стороны церкви сменила звонницу в 1857 г. Поскольку в XVIII–XIX вв. церковь подверглась изменениям, исказившим ее архитектурный облик, Управление новгородскими музеями в 1940–1941 гг. предприняло ее реставрацию, в ходе которой были разобраны надкладки над угловыми частями здания, восстановлена ее старая кровля с трехлопастным покрытием и разобрана позднейшая колокольня.