На Знаменской иконе начала XVIII века из церкви Михаила архангела изображен план кремля. На этом плане на месте будущих Митрополичьих покоев изображена каменная надвратная церковь Иоанна Златоуста. Во второй половине XVII века церковь перестроена, а по сторонам от нее в двух этажах разместились паперти и жилые палаты. Остальную часть южного и юго-восточного периметра Владычного двора занимали деревянные хозяйственные постройки.
В начале XVIII века юго-восточная их часть перестроена в камне, здесь разместились богадельня и сиротский приют.
В 1770-х годах по проекту архитектора П. Р. Никитина на месте существующих каменных и деревянных корпусов возведен Митрополичий дом. Двухэтажное Г-образное здание с двумя мезонинами протянулось от Исповедничеких ворот с Богоявленской церковью над ними до деревянных (а, возможно, уже и каменных) одноэтажных построек на южной стороне Владычного двора. От старого здания на восточной стене сохранился раскрытый фрагмент «бегунца».
После Второй мировой войны мезонин на восточной стороне Митрополичьего дома разобрали, а южный мезонин увеличили на два окна к западу, что исказило авторский замысел и ухудшило восприятие здания.