В исторической литературе давно сложилось мнение, что основание обители на Лисичьей горке предшествовало основанию Хутынского монастыря. В Новгороде бытовало предание, что что в Лисицком монастыре были похоронены родители Варлаама, а сам он принял постриг в этом монастыре.
В то же время, по данным письменных источников Лисицкий монастырь известен только с конца XIV века. В 1389 г. на горке поставили деревянную церковь Рождества Богородицы, а после пожара в 1393 г. ее отстроили в камне. Также в XV веке построены каменная надвратная церковь Варлаама Хутынского и деревянная церковь Иоанна Златоуста.
С монастырем в XIV–XV вв. связаны имена видных церковных деятелей: Илариона, впоследствии епископа Коломенского, Арсения – основателя Коневского монастыря, Варлаама (архимандрита Юрьева монастыря), архиепископа Евфимия II.
В монастыре сформировалась крупнейшая в городе книгописная мастерская, имелось богатое книжное собрание и велось летописание.
С XVI столетия начинается упадок монастыря. В 1764 г. в ходе синодального уложения монастырских штатов Лисицкий монастырь был упразднен; соборная церковь Рождества Богородицы была обращена в приходскую, а в 1818 г. ее и вовсе упразднили и перевели в статус кладбищенской для военного поселения. К середине XIX столетия церковь разобрана.
Иллюстрации: место монастыря на плане окрестностей Новгорода конца XVIII века; планы монастыря (XVIII век); крест на Лисичьей горке; место бывшего монастыря на современной карте; Евангелие конца XV века из монастыря (из архива НГОМЗ)
