По сведениям архиепископа Макария («Описание Новгородского архиерейского дома» (1857) «Церковь во имя св. Иоанна, архиепископа Новгородского устроена в древней грановитой палате, над большими подвалами и погребами, и освящена 15 июля 1822 года с установлением в ней вседневного служения монашествующими при архиерейском доме».
При приспособлении владычной палаты под церковь над частью крыши возвели деревянный барабан с куполом. Руководил работами епархиальный архитектор Александр Макушев.
В 1923 г. церковь была закрыта, а в 1930 г. разобраны купол и иконостас.